Στο Πλωτό Μουσείο Νεράιδα διοργανώνονται, σε συνεργασία με άλλους φορείς, δημόσιους και ιδιωτικούς, εκδηλώσεις με ενημερωτικό και εκπαιδευτικό χαρακτήρα. Επιπλέον, το ΝΠΙΔ Πλωτό Μουσείο Νεράιδα πραγματοποιεί χρηματοδοτήσεις σε τρίτους φορείς προς εκπλήρωση του σκοπού του. Τέλος, η γενικότερη λειτουργία του μουσείου, οι δωρεάν επισκέψεις και τα εκπαιδευτικά προγράμματα, εντάσσονται στο πλαίσιο της κοινωφελούς δράσης του.