Το Πλωτό Μουσείο Νεράιδα ανήκει στο Μη Κερδοσκοπικό Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου «Πλωτό Μουσείο Νεράιδα». Χρηματοδοτείται από το Κοινωφελές Ίδρυμα Ιωάννη Σ. Λάτση και ξεκίνησε τη λειτουργία του το 2013 με την εγγραφή του πλοίου στο ελληνικό νηολόγιο.